Algumas vezes o ubuntu para de exibir os ícones no desktop e até mesmo o menu não pode mais ser acessado, para resolver use os seguintes códigos:

Digite  Ctrl + Alt + F1 para acessar a linha de comando fora da interface, digite seu login e senha e:

sudo apt-get install dconf-tools

DISPLAY=:0 dconf reset -f /org/compiz/

unity --reset-icons

setsid unity

E faça o reboot.

Fonte: https://askubuntu.com/questions/893233/ubuntu-desktop-folders-icons-and-files-are-not-visible