Para gerenciar nossas aplicações node com facilidade, podemos utilizar o PM2. Primeiro valos instala-lo de forma global

npm install -g pm2

Agora para rodar nossa aplicação usamos o comando:

pm2 start index.js

Ele deve exibir as informações da aplicação como status, ID e nome. Para verificar o status da nossa aplicação usamos o comando show:

pm2 show index

Onde index é o nome da nossa aplicação.
Para pausa usamos o comando stop.

O pm2 tem várias funcionalidades que podem ser vistas mais a fundo no seu site oficial:
http://pm2.keymetrics.io/

Fonte: https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-set-up-a-node-js-application-for-production-on-ubuntu-16-04