Trabalhando com o Ionic para criar aplicativos mobile, me deparei com um problema nas animações de transição de página e o swipe no menu lateral.

Quando eu abria novas páginas, a animação funcionava, mas o menu lateral não era mais chamado pelo swipe, isso acontecia por que a nova view aberta estava sobrepondo o menu lateral que estava na view root, para resolver isso coloquei a diretiva menu-close no link, o menu-close fecha o menu aberto no momento e também reseta o histórico de views fazendo com que a view atual seja a root, e ativando novamente o swipe do menu lateral que está na view root, mas com isso foi criado outro problema, o menu-close desativa as animações de transição.
Para resolver isso, coloquei a diretiva enable-menu-with-back-views como true no ion-side-menus, fazendo com que o menu fique sempre em primeiro plano mesmo com as novas views, com isso posso usar a diretiva menu-close nos seu lugar correto que é nos links do menu e posso continuar abrindo páginas dentro das views normalmente.

A diretiva menu-close serve para fechar o menu aberto, ela também desabilita as animações nas transições.
http://ionicframework.com/docs/api/directive/menuClose/